Κάθε ωοθυλάκιο που είναι μεγαλύτερο των δύο εκατοστών είναι μια κύστη ωοθηκών. Αυτές είναι οι λειτουργικές κύστεις. Μια κύστη ωοθηκών μπορεί να είναι μικρή όσο ένα μπιζέλι, ή μεγαλύτερη από ένα πορτοκάλι. Οι περισσότερες κύστεις των ωοθηκών είναι καλοήθεις. Κύστεις των ωοθηκών εμφανίζονται σχεδόν σε όλες τις προεμμηνοπαυσιακές γυναίκες, και σε ποσοστό έως 14,8% στις μετεμμηνοπαυσιακές γυναίκες.
